| Genome analysis of Pseudomonas spp. CPA-7, a strain with potential as a biocontrol agent |
2025 |
Collazo, C.;Sanchez Herrero, J.F.; Alves, R.; Rozas, J.; Alegre, I.; Eleiwa, A.; Viñas, I. |
Article d'investigació |
| Multiscale Mathematical Modeling in Systems Biology: A Framework to Boost Plant Synthetic Biology |
2025 |
Lucido, A.; Basallo, O; Marin Sanguino, A.; Eleiwa, A.; Soledad-Martinez, E.; Vilaprinyo, E; Sorribas, A.; Alves, R. |
Review |
| ForestForward: visualizing and accessing integrated world forest data from the last 50 years |
2025 |
Tejada Gutiérrez, E.L.; Mateo Fornés, J.; F Solsona, F.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| The genome sequence of the red-legged partridge, Alectoris rufa Linnaeus 1758 |
2025 |
Eleiwa, A.; Mestre, P.; Usie, A.; Vilaprinyo, E.; Marin Sanguino, A.; Sorribas, A.; Richart, C.; Salces Ortiz, J.; Fernández, R.; Biarnés; M.; Antilles, N.; Nadal, J.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Hybrid assembly and comparative genomics unveil insights into the evolution and biology of the red‑legged partridge |
2024 |
Eleiwa, Abderrahmane; Nadal, Jesus; Vilaprinyo, Ester; Marin Sanguino, Alberto; Sorribas, Albert; Basallo, Oriol; Lucido, Abel; Richart, Cristobal; Pena, Ramona N.; Ros Freixedes, Roger; Usie, Anabel; |
Article d'investigació |
| Modeling the effects of strigolactone levels on maize root system architecture |
2024 |
Lucido A; Andrade F; Basallo O; Eleiwa A; Marin-Sanguino A; Vilaprinyo E; Sorribas A; Alves R. |
Article d'investigació |
| ¿De qué sirve conocer el genoma de todas las especies que viven en el planeta? |
2024 |
Alves, Rui |
Article en premsa |
| Modeling the effect of daytime duration on the biosynthesis of terpenoid precursors |
2024 |
Basallo, O.; Lucido, A.; Sorribas, A.; Marin Sanguino, A.; Vilaprinyo, E.; Martinez, E.; Eleiwa, A.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| The Functional Comparison of Eukaryotic Proteomes: Implications for Choosing an Appropriate Model Organism to Probe Human Biology. |
2024 |
Karathia, H.; Hannenhalli, S.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| The Catalan initiative for the Earth BioGenome Project: contributing local data to global biodiversity genomics |
2024 |
Corominas M, Marques-Bonet T, Arnedo MA, Bayes M, Belmonte J, Escriva H, Fernandez R, Gabaldon T, Garnatje T, Germain J, Niell M, Palero F, Pons J, Puigdomenech P, Initiative For The Earth BioGenome P |
Article d'investigació |
| An almost chromosome-level assembly and annotation of the Alectoris rufa genome |
2024 |
Eleiwa, Abderrahmane; Nadal, Jesus; Vilaprinyo, Este; Marin-Sanguino, Alberto; Sorribas, Albert; Basallo, Oriol; Lucido, Abel, Richart, Cristobal; Pena, Romi; Ros-Freixedes, Roger; Usie, Anabel; Alves |
Altres |
| ForestForward: visualizing and accessing integrated world forest data from the last fifty years |
2024 |
Tejada Gutierrez, E.L.; Mateo Fornés, J.; Solsona, F.; Alves, R. |
Altres |
| Llibre d'abstracts de les XII Jornades de Bioinformàtica i Genómica de la Societat Catalana de Biologia |
2024 |
Alves, R. |
Editor actes congrés |
| Changin biosynthesis of terpenoids precursors in rice through synthetic biology. |
2023 |
Basallo, O.; Perez, L.; Lucido, A.; Sorribas, A.; Martin Saguino, A.; Vilaprinyo, E.; Perez Fons, L.; Albaceta, A.; Martinez Andujar, C.; Fraser, P.D.; Christou, P.; Capell, T.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Evolution of an Iron-Detoxifying Protein: Eukaryotic and Rickettsia Frataxins Contain a Conserved Site Which Is Not Present in Their Bacterial Homologues |
2022 |
Alves, Rui; Pazos Gil, Maria; Medina Carbonero, Marta; Sanz Alcázar, Arabela; Delaspre, Fabien; Tamarit, Jordi |
Article d'investigació |
| Multilevel interactions between native and ectopic isoprenoid pathways affect global metabolism in rice |
2022 |
Pérez, L.; Alves, R.; Perez Fons, L.; Albacete, A.; Farré, G.; Soto, E.; Vilaprinyó, E.; Martínez Andújar, C.; Basallo, O.; Fraser, P.D.; Medina, V.; Zhu, C.; Capell, T.; Christou, P. |
Article d'investigació |
| A mathematical model for strigolactone biosynthesis in plants. |
2022 |
Lucido, A.; Basallo, O.; Sorribas, A.; Marin Sanguino, A.; Vilaprinyo, E.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| CAM Models: Lessons and Implications for CAM Evolution. |
2022 |
Burgos, A.; Miranda, E.; Vilaprinyo, E.; Meza Canales, I.D.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Maximization of information transmission influences selection of native phosphorelay architectures |
2021 |
Alves, Rui; Salvadó, Baldiri; Milo, Ron; Vilaprinyo, Ester; Sorribas, Albert |
Article d'investigació |
| EasyModel: user-friendly tool for building and analysis of simple mathematical models in systems biology |
2020 |
Bartolomé, Jordi; Alves, Rui; Solsona, Francesc; Teixidó, Ivan |
Article d'investigació |
| Foundations of Theoretical Approaches in Systems Biology |
2019 |
Alberto Marin-Sanguino; Julio Vera; Rui Alves |
Review |
| Revisiting Trade-offs between Rubisco Kinetic Parameters |
2019 |
Flamholz, Avi I; Prywes, Noam; Moran, Uri; Davidi, Dan; Bar-On, Yinon M; Oltrogge, Luke M; Alves, Rui; Savage, Dave; Milo, Ron |
Article d'investigació |
| Non-invasive imaging techniques and assessment of carotid vasa vasorum neovascularization: promises and pitfalls |
2018 |
Pereira, T.; Betriu, A.; Alves, R. |
Review |
| Quantitative operating principles of Yeast metabolism during adaptation to heat stress. |
2018 |
Pereira T.; Vilaprinyo E.; Belli G.; Herrero E.; Salvado B.; Sorribas A.; Altés G.; Alves R. |
Article d'investigació |
| MetReS, an efficient database for genomic applications |
2018 |
Jordi Vilaplana; Rui Alves; Francesc Solsona; Jordi Mateo; Ivan Teixidó; Marc Pifarré |
Article d'investigació |
| Automatic Methods for Carotid Contrast-Enhanced Ultrasound Imaging Quantification of Adventitial Vasa Vasorum. |
2018 |
Pereira T.; Muguruza J.; Mária V.; Vilaprinyo E.; Sorribas A.; Fernandez E.; Fernandez-Armenteros, J.M.; Baena J.A.; Rius F.; Betriu A.; Solsona .F; Alves R. |
Article d'investigació |
| Metabolic constraints and quantitative design principles in gene expression during adaption of yeast to heat shock |
2018 |
Pereira T, Vilaprinyo E, Belli G, Herrero E, Salvado B, Sorribas A, Altés G, Alves R. |
Altres |
| TControl: A mobile app to follow up tobacco-quitting patients |
2017 |
Pifarré M.; Carrera A.; Vilaplana J.; Cuadrado J.; Solsona S.; Abella F.; Solsona F.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Evaluating multi-locus phylogenies for species boundaries determination in the genus Diaporthe |
2017 |
Santos L.; Alves A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Rare Disease Discovery: an optimized disease ranking system |
2017 |
Marc Piñol; Rui Alves; Ivan Teixidó; Jordi Mateo; Francesc Solsona; Ester Vilaprinyó |
Article d'investigació |
| HBPF: a Home Blood Pressure Framework with SLA guarantees to follow up hypertensive patients |
2016 |
Cuadrado, J; Vilaplana, J.; Mateo, J.; Solsona, F.; Solsona, S.; Rius, J.; Alves, R., Camafort, M.; Torres, G.; Betriu, A.; Gutierrez, J.M.; Fernández, E. |
Article d'investigació |
| Global methodology for developmental neurotoxicity testing in humans and animals early and chronically exposed to chemical contaminants |
2016 |
Arpiné A. Elnar; Nadia Ouamara; Nadiya Boyko, Xavier Coumoul; Jean-Philippe Antignac; Bruno Le Bizec; Gauthier Eppe; Jenny Renaut; Torsten Bonn; Cédric Guignard; Margherita Ferrante; Maria Liusa Chius |
Article d'investigació |
| Regulation of the Na+/K+-ATPase Ena1 expression by calcineurin/Crz1 under high pH stress: A quantitative study. |
2016 |
Petrezsélyová S; López-Malo M; Canadell D; Roque A; Serra-Cardona A; Marqués MC; Vilaprinyó E; Alves R; Yenush L; Ariño J. |
Article d'investigació |
| Computer-assisted initial diagnosis of rare diseases |
2016 |
Rui Alves; Marc Piñol; Jordi Vilaplana; Ivan Teixidó; Joaquim Cruz; Jorge Comas; Ester Vilaprinyo; Albert Sorribas; Francesc Solsona |
Article d'investigació |
| Identification of line-specific strategies for improving carotenoid production in synthetic maize through data-driven mathematical modelling |
2016 |
Comas, J; Benfeitas, R.; Vilaprinyo, E.; Sorribas, A.; Solsona, F.; Farré, G.; Berman, J.; Zorrilla, U.; Capell, T.; Sandmann, G.; Zhu, C.; Christou, P.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| CheNER: a tool for the identification of chemical entities and their classes in biomedical literature |
2015 |
Usié A.; Cruz J.; Comas J.; Solsona F.; Alves R. |
Article d'investigació |
| A survey of HK, HPt, and RR domains and their organization in two-component systems and phosphorelay proteins of organisms with fully sequenced genomes |
2015 |
Salvado B.; Vilaprinyo E.; Sorribas A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Global optimization of hybrid kinetic/FBA models via outer-approximation |
2015 |
Pozo C.; Miro A.; Guillén-Gosálbez, G.; Sorribas A.; Alves R.; Jiménez L. |
Article d'investigació |
| The CHEMDNER corpus of chemicals and drugs and its annotation principles |
2015 |
Krallinger M, Rabal O, Leitner F, Vazquez M, Salgado D, Lu Z, Leaman R, Lu Y, Ji D, Lowe DM, Sayle RA, Batista-Navarro RT, Rak R, Huber T, Rocktäschel T, Matos S, Campos D, Tang B, Xu H, Munkhdalai T, |
Article d'investigació |
| S-PC: An e-treatment application for management of smoke-quitting patients |
2014 |
Vilaplana, Jordi; Solsona, Francesc; Abella, Francesc; Cuadrado, Josep; Alves, Rui; Mateo, Jordi |
Article d'investigació |
| Database Constraints Applied to Metabolic Pathway Reconstruction Tools |
2014 |
Jordi Vilaplana; Francesc Solsona; Ivan Teixido; Anabel Usié; Hiren Karathia; Rui Alves; Jordi Mateo |
Article d'investigació |
| CheNER: Chemical Named Entity Recognizer |
2014 |
Usie, A.; Alves, R.; Solsona, F.; Vazquez, M.; Valencia, A. |
Article d'investigació |
| Biblio-MetReS for user-friendly mining of genes and biological processes in scientific documents |
2014 |
Usie A, Karathia H, Teixidó I, Alves R, Solsona F. |
Article d'investigació |
| An in vitro system for the rapid functional characterization of 20 genes involved in carotenoid biosynthesis and accumulation |
2014 |
Bai, C; Rivera, SM; Medina,V; Alves,R; Vilaprinyo,E; Sorribas,A; Canela,R; Capell,T; Sandmann,G.; Christou, P; Zhu, C. |
Article d'investigació |
| Identification of regulatory structure and kinetic parameters of biochemical networks via mixed-integer dynamic optimization |
2013 |
Guillén-Gosálbez, G.; Miro, A.; Alves, R.; Sorribas, A.; Jimenez, L. |
Article d'investigació |
| Relative Amino Acid Composition Signatures of Organisms and Environments |
2013 |
Moura, A.; Savageau,MA.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Targeted transcriptomic and metabolic profiling reveals temporal bottlenecks in the maize carotenoid pathway that may be addressed by multigene engineering |
2013 |
Farre G.; Rivera S.M.; Alves R.; Vilaprinyo E.; Sorribas A.; Canela R.; Naqvi S.; Sandmann G.; Capell T.; Zhu C.; Christou P. |
Article d'investigació |
| Two component systems: physiological effect of a third component |
2012 |
Salvado B.; Vilaprinyo E.; Karathia H.; Sorribas A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Methods for and results from the study of design principles in molecular systems |
2011 |
Salvado B.; Karathia H.; Chimenos AU.; Vilaprinyo E.; Omholt S.; Sorribas A.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Biblio-MetReS: A bibliometric network reconstruction application and server |
2011 |
Usie A.; Karathia H.; Teixido I.; Valls J.; Faus X.; Alves R.; Solsona F. |
Article d'investigació |
| Seguimiento y control de pacientes fumadores en proceso de deshabituación mediante SMS. Una experiencia en e-salud |
2011 |
Francesc Abella; Assumpció Vilarasau; Josep Cuadrado; Francesc Solsona; Rui Alves; Jordi Vilaplana; Joan Serra |
Article en revista divulgativa |
| Steady-state global optimization of metabolic non-linear dynamic models through recasting into power-law canonical models |
2011 |
Pozo C.; Marin-Sanguino, A.; Alves R.; Guillén-Gosalbez, G.; Jimenez L.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Saccharomyces cerevisiae as a model organism: a comparative study |
2011 |
Karathia, H.; Vilaprinyo, E.; Sorribas, A.; Alves, R. |
Article d'investigació |
| Special issue on biological design principles |
2011 |
Alves, R.; Sorribas, A. |
Article d'investigació |
| Teaching systems biology |
2011 |
Alves R; Vilaprinyo E; Sorribas A; |
Article d'investigació |
| Existo, luego soy una red. |
2011 |
Sorribas,A., Vilaprinyo, E., Alves, R. |
Article en revista divulgativa |
| ¿El aniversário de la Biologia de Sistemas? |
2011 |
Alves, R., Salvado, B., Vilaprinyo, E., Sorribas, A. |
Article en revista divulgativa |
| Optimization and evolution in metabolic pathways: Global optimization techniques in Generalized Mass Action models |
2010 |
Sorribas A.; Pozo C.; Vilaprinyo E.; Guillén-Gosálbe,z G.; Jimenez L.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Minimization of Biosynthetic Costs in Adaptive Gene Expression Responses of Yeast to Environmental Changes |
2010 |
Vilaprinyo E.; Alves R.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Evolution based on domain combinations: the case of glutaredoxins |
2009 |
Alves, R.; Vilaprinyó, E.; Sorribas, A.; Herrero, E. |
Article d'investigació |
| Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction |
2008 |
Igoshin O.; Alves R.; Savageau M.A. |
Article d'investigació |
| Approximate formalisms: does anything work? |
2008 |
Sorribas A.; Vilaprinyo, E. & Alves, R. |
Article d'investigació |
| Semi-Automated Reconstruction of Biological Circuits. |
2008 |
Alves, R.; Vilaprinyo, E. & Sorribas, A. |
Article d'investigació |
| Gene expression levels in Saccharomyces cerevisisae strongly reflect energetic cost rates of gene products. |
2008 |
Vilaprinyo, E., Alves, R., Sorribas, A. & Salvador, A. |
Article d'investigació |
| Energetic Constraints in Adaptive gene expression responses of yeast under environmental changes. |
2008 |
Vilaprinyo, E., Salvador, A., Alves, R.,& Sorribas, A. |
Article d'investigació |
| Integrating bioinformatics and computational biology: Perspectives and possibilities for in silico network reconstruction in molecular systems biology |
2008 |
Alves R.; Vilaprinyo E.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Mathematical formalisms based on approximated kinetic representations for modeling genetic and metabolic pathays |
2008 |
Alves R.; Vilaprinyo E.; Hernández-Bermejo, B.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| In silico pathway reconstruction: Iron-sulfur cluster biogenesis in Saccharomyces cerevisiae |
2007 |
Alves R.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Cooperativity and saturation in biochemical networks: A saturable formalism using Taylor series approximations |
2007 |
Sorribas A.; Hernández-Bermejo, B.; Vilaprinyo E.; Alves R. |
Article d'investigació |
| Identification of operational constraints that shape the response of yeast to heat shock |
2006 |
Sorribas, A., Vilaprinyo, E., Alves, R. |
Capítol de llibre d'investigació |
| Use of physiological constraints to identify quantitative design principles for gene expression in yeast adaptation to heat shock |
2006 |
Vilaprinyo E.; Alves R.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Tools for kinetic modeling of biochemical networks |
2006 |
Alves R.; Antunes F.; Salvador A |
Article d'investigació |
| Evidence of selection for low cognate amino acid bias in amino acid biosynthetic enzymes. |
2005 |
Alves, R.; Savageau, M.A. |
Article d'investigació |
| Predictive reconstruction of the mitochondrial iron-sulfur cluster assembly metabolism. II. Role of glutaredoxin Grx5 |
2004 |
Alves R.; Herrero E.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Evolution and cellular function of monothiol glutaredoxins: involvement in iron-sulphur cluster assembly |
2004 |
Vilella F.; Alves R.; Rodriguez-Manzaneque, M.T.; Belli G.; Swaminathan S.; Sunnerhagen P.; Herrero E. |
Article d'investigació |
| Predictive reconstruction of the mitochondrial iron-sulfur cluster assembly metabolism: I. The role of the protein pair ferredoxin-ferredoxin reductase (Yah1-Arh1) |
2004 |
Alves R.; Herrero E.; Sorribas A. |
Article d'investigació |
| Comparative analysis of prototype two-component systems with either bifunctional or monofunctional sensors: differences in molecular structure and physiological function. |
2003 |
Alves R.; Savageau, M.A. |
Article d'investigació |
| Evolution of enzymes in metabolism: a network perspective. |
2002 |
Alves R.; Chaleil R.A.; Sternberg M.J. |
Article d'investigació |
| Reversibility In Unbranched Pathways: Preferred Positions Based On Regulatory Considerations |
2001 |
Alves R.; Savageau, M. A. |
Article d'investigació |
| Effect Of Overall Feedback Inhibition In Unbranched Biosynthetic Pathways |
2001 |
Alves R.; Savageau M.A. |
Article d'investigació |
| Comparing Systemic Properties Of Ensembles Of Biological Networks By Graphical And Statistical Methods |
2000 |
Alves R.; Savageau M.A. |
Article d'investigació |
| Systemic Properties Of Ensembles Of Metabolic Networks: Application Of Graphical And Statistical Methods To Simple Unbranched Pathways |
2000 |
Alves R, Savageau MA. |
Article d'investigació |
| Extending the method of mathematically controlled comparison to include numerical comparisons |
2000 |
Alves R, Savageau MA. |
Article d'investigació |
| Bioenergética: Termodinâmica e Cinética em Bioquímica |
1996 |
Alves, R., Antunes, F., Salvador, A., Pinto, R. E. |
Capítol de llibre docent |
| PARSYS – A tool for theoretical analysis of metabolic processes |
1996 |
Salvador, A., Garcia, J., Sousa, J., Antunes, F., Alves, R., Pinto, R. E. |
Capítol de llibre d'investigació |
| Lipid Peroxidation In Mitochondrial Inner Membranes: I. An Integrative Model |
1996 |
Antunes F.; Salvador A.; Marinho S.; Alves R.; Pinto R.E. |
Article d'investigació |
| Regulação Metabólica |
1996 |
Antunes, F., Alves, R., Salvador, A., Pinto, R. E. |
Capítol de llibre docent |
